靈隱寺僧人道濟(jì)濟(jì)世救人、化解人間疾苦，處處弘揚(yáng)佛法，懲惡揚(yáng)善、盡管人間不平事，深得老百姓愛戴，被世人譽(yù)為：濟(jì)公活佛。
《活佛濟(jì)公》第三部的主要故事仍然圍繞著濟(jì)公帶領(lǐng)廣亮、趙斌等人為老百姓排憂解難、點(diǎn)化世人展開，穿插降龍尊者降魔除妖的神話故事，以及濟(jì)公活佛與地痞惡霸斗智斗勇的生動故事，將更多宣揚(yáng)真善美、鞭撻假惡丑的故事，以寓教于樂的方式呈獻(xiàn)給觀眾。
全劇共分“天蠶變”、“朱羅記”、“天鵝夢”、“紅花告御狀”、“木偶奇譚”、“餓狼傳說”、“人狐戀”、“胭脂情—龍虎山大戰(zhàn)”等8個單元故事展開。
《天蠶變》天蠶魔君為修煉天蠶魔功，殘害無辜百姓，濟(jì)公帶領(lǐng)廣亮等人上山阻止魔君。乾坤洞主蠱惑蠶精雪柔去取濟(jì)公性命，雪柔看見濟(jì)公卻愛恨交織，原來濟(jì)公竟與雪柔的戀人閆濤長得一模一樣，只是閆濤背叛了兩人的愛情失蹤多時。濟(jì)公算出閆濤是被雪艷殺害，并施法令雪柔聽到閆濤真心愛她的言語，雪柔頓悟自己被魔君利用，與濟(jì)公聯(lián)手破解天蠶魔功。
《天鵝夢》莊家小姐紅杏脾氣火爆、奇丑無比，且得理不饒人，一心想要找個白馬王子，更想丑小鴨變天鵝。紅杏知道濟(jì)公法力高深，哀求濟(jì)公幫忙將自己變成美女。紅杏雖如愿變美，但卻無法言語，又陰差陽錯嫁給潘安，引發(fā)一場悲喜劇，終于知道萬事不得強(qiáng)求。另一方采藥女天鵝在小時為救紅杏，跌下山崖，臉上被魚精咬了一口。幸好被江中龍王六子赑屃敖子龍所救。天鵝感恩，不顧風(fēng)雨十幾年來都為靈隱寺前赑屃的像獻(xiàn)花。赑屃感動，化為人與其相見。天鵝愛上他，卻因?yàn)楸霍~精咬傷的疤而自卑。后赑屃因種種原因不得不為她挖下自己身上的護(hù)心龍鱗救她，損傷了一千年的道行。天鵝恢復(fù)美貌。三片護(hù)心龍鱗只剩一片，卻因?yàn)樘禊Z的自私，被乾坤洞主所搶。為救赑屃，兩條魚精舍命并且在濟(jì)公的幫助下，終得一龍鱗就了他一命。天鵝也醒悟，明白了是自己的自私斷送了自己的幸福。赑屃明白大愛，回龍宮療傷修煉。天鵝采藥救人，盼望著赑屃的再次出現(xiàn)......
《紅花告御狀》婢女紅花陪主人林秀云遠(yuǎn)赴靈隱寺求藥，秀云與武天良（賈明）一見鐘情并私定終身，天良巧語騙秀云會至蘇州提親。數(shù)月后秀云懷孕，紅花帶著秀云去找天良，卻發(fā)現(xiàn)天良竟然是忠義侯的兒子。天良和舊時鄰居，一直喜歡秀云的杜賢的姐姐杜英成婚。杜英善妒，想害秀云。下人方必成怕天良責(zé)罵，改買墮胎藥讓秀云喝下。秀云小產(chǎn)。杜英見秀云未死便在飯菜中下毒欲毒死秀云，卻陰錯陽差被秀云父母喝下，杜英嫁禍秀云。天良知道后要告杜英卻在杜英的分析下放棄救秀云。并且在她的指使下打死秀云。后秀云被濟(jì)公搭救，免于一死。紅花求助活佛濟(jì)公幫助，濟(jì)公卻言斗不過忠義侯的勢力，建議紅花告御狀，為主伸冤。經(jīng)歷重重磨難，紅花成功，天良也在濟(jì)公的計策之下招了。秀云冤情大白，和癡心的杜賢終成眷屬。
《人狐戀》濟(jì)公帶領(lǐng)趙斌、白雪從“封魔洞”中救出白靈，想要通過白靈的真心喚回被乾坤洞主附身的陳亮。白靈成功救出陳亮，陳亮卻被洞主打成重傷，白靈震碎內(nèi)丹救陳亮，卻面臨化為原形的痛苦。陳亮在濟(jì)公的指示下尋找天階，歷經(jīng)一番磨難，陳亮的癡心與真情終感動上蒼，觀音菩薩助白靈變成凡人，與陳亮生死相依。
《木偶奇譚》木偶戲藝人歐青山有一家傳木偶，為千年水沉木雕刻而成，乾坤洞主為得此木偶，派出眾弟子設(shè)計殺害歐青山，并嫁禍必清。青山魂魄附身于木偶中，并求活佛濟(jì)公幫助，濟(jì)公施法助青山向御史大人申訴冤情，青山說出真正的兇手竟然是自己的徒弟左善。
《餓狼傳說》宋家小姐婉儀愛上了半人半獸的阿狼（洪天恩），婉儀父親宋克惱兇成怒，因?yàn)榘⒗钦桥c婉儀定下娃娃親的洪天恩。勸阻婉儀離開阿狼未果，竟對阿狼起了殺心，濟(jì)公及時出現(xiàn)救下阿狼，并告知阿狼與婉儀是前世注定的姻緣。大鵬利用阿狼修煉移魂大法，濟(jì)公開釋婉儀幫助阿狼不受大鵬的控制，改邪歸正，最后宋克同意兩個人走到了一起。
《朱羅記》朱家與羅家因?yàn)楦髯越?jīng)營米店而成為世仇，朱家小姐朱麗月卻與羅家少爺羅蜜藕相愛了，雙方父母想法設(shè)法阻止兩人在一起，朱父更是為女兒定下親事。麗月與蜜藕求助活佛濟(jì)公成全兩人的愛情，濟(jì)公設(shè)計了一出“假死計劃”，不但令兩家化解冤仇，更使麗月與蜜藕有情人終成眷屬。
《胭脂情—龍虎山大戰(zhàn)》濟(jì)公發(fā)現(xiàn)胭脂尚在人間，卻失去記憶，并與李家公子定下婚約。成親當(dāng)晚，濟(jì)公竟在眾目睽睽之下?lián)屪咝履�。大鵬設(shè)法令胭脂恢復(fù)記憶，并從鬼面蜘蛛處奪來“漫天情網(wǎng)”，想要擾亂濟(jì)公修煉。深愛濟(jì)公的胭脂深明大義，支持濟(jì)公為天下蒼生除危解難，并助濟(jì)公打退大鵬，重返仙界修行。
